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All
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Variables
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Typedefs
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Enumerations
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Related Functions
a
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b
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c
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d
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e
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f
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g
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h
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i
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k
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l
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m
|
n
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o
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p
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q
|
r
|
s
|
t
|
u
|
v
|
w
|
x
|
y
|
z
- a -
a0 :
MMValAngle
acc_id :
ComputerAccount
acceptor_orb_set :
ETCoupl
add_eff_ene :
HaInterMolMod
alt_res_states :
HaResidue
alt_state_type :
AltChemState
altl :
HaAtom
amber_constr_crd_file :
HaMolMechMod
amber_crd_file :
HaMolMechMod
amber_inp_file :
HaMolMechMod
amber_out_file :
HaMolMechMod
amber_rst_file :
HaMolMechMod
amber_run_file :
HaMolMechMod
amber_top_file :
HaMolMechMod
amber_trj_coord_file :
HaMolMechMod
amber_trj_ene_file :
HaMolMechMod
amber_trj_vel_file :
HaMolMechMod
amber_version :
HaMolMechMod
ang_ratio :
HaInterMolMod
aptr1 :
IntCrdNode
aptr2 :
IntCrdNode
aptr3 :
IntCrdNode
aptr4 :
IntCrdNode
ar :
AtomNode
Array :
Canvas3D
at :
AtomNode
AtBasis :
HaQCMod
atom2_3body :
HaMolMechMod
atom3_3body :
HaMolMechMod
atom_restr_const :
HaMolMechMod
Atoms :
HaMolecule
AtomType :
HaAtomBasis
axx_ene :
ElectrostMod
- b -
BackB :
HaMolView
BackBoneList :
HaChain
basis_dir :
HarlemApp
BasName :
HaAtomBasis
bb_crd :
NuclAcidMod
bb_sidx :
NuclAcidMod
best_path :
ETCoupl
best_path_coupl :
ETCoupl
beta_3body :
HaMolMechMod
bond_ene :
HaMolMechMod
bond_param_map :
HaMolMechMod
BondConstrains :
HaMolMechMod
bonded_nodes :
AtomNode
Bonds :
HaMolecule
boundary :
ElectrostMod
BoxB :
HaMolView
build_nb_contact_list :
HaInterMolMod
build_nb_contact_list_flag :
HaMolMechMod
- c -
calc_14 :
MMDihedral
calc_electr_flag :
HaMolMechMod
calc_et_rate :
HaInterMolMod
calc_type :
ETCoupl
calc_vdw_flag :
HaMolMechMod
cap_atom_num :
HaMolMechMod
cap_fconst :
HaMolMechMod
CenZ :
HaMolView
Chains :
HaMolecule
charge :
MatPoint
charge_file_name :
ElectrostMod
charge_map :
ElectrostMod
ChargeMaps :
HaMolSet
ChemGroups :
HaMolSet
chmap :
AltChemState
cmd_history :
CmdParser
cmd_pr :
HarlemApp
cmol :
ETCoupl
coef :
GauShell
col :
HaHBond
,
HaBond
,
HaAtom
col1 :
HaResidue
col2 :
HaResidue
col_ :
Fortran_matrix< T >
comp_accounts :
HarlemApp
CompModules :
HaMolSet
compressibility :
HaMolMechMod
compute_pk :
HaInterMolMod
constraint_ene :
HaMolMechMod
conv_dm :
HaQCMod
coord_file_name :
ElectrostMod
count :
Poly
coupl_map :
ETCoupl
cur_energy :
NuclAcidMod
,
HaMolMechMod
cur_intermol_ene :
HaInterMolMod
cur_nstep :
HaMolMechMod
CurChain :
HaMolecule
CurLine :
CmdParser
CurResidue :
HaMolecule
CurRX :
HaMolView
CurRY :
HaMolView
CurRZ :
HaMolView
CurSlabValue :
HaMolView
CurToken :
CmdParser
CurTX :
HaMolView
CurTY :
HaMolView
CurZoom :
HaMolView
- d -
DA_dipole :
ETCoupl
DA_field :
ETCoupl
data :
HaOper1e
db_con_info :
BiblDB
db_file_name :
ETCoupl
db_ro :
BiblDB
DBClear :
Canvas3D
DBuffer :
Canvas3D
delay_time :
HaMolMechMod
,
HaInterMolMod
density :
HaMolMechMod
diel_const :
HaMolMechMod
diel_slope :
NuclAcidMod
dif :
NuclAcidMod
dih_param_map :
HaMolMechMod
dihed_ene :
HaMolMechMod
Dihedrals :
HaMolMechMod
dir_strand :
NuclAcidMod
don_acc_vec :
ETCoupl
donor_orb_set :
ETCoupl
dont_calc_ene_flag :
HaInterMolMod
dots_number :
ElectrostMod
DScale :
HaMolView
dst :
HaHBond
dstatom :
HaBond
dstCA :
HaHBond
- e -
el_pot_field :
HaInterMolMod
el_pot_map :
ElectrostMod
electr_ene :
HaMolMechMod
electr_ene_14 :
HaMolMechMod
electr_ene_nb :
HaMolMechMod
electr_inter_ene :
HaInterMolMod
electr_model :
HaMolMechMod
,
HaInterMolMod
ElemDesc :
HaAtom
elemno :
HaAtom
elfield_fname :
ElectrostMod
elpot_high_val :
ElectrostMod
elpot_low_val :
ElectrostMod
enc :
ElectrostMod
Ene :
HaRPAResolv
ene_per_unit_flag :
NuclAcidMod
enel :
ETCoupl
energy :
HaHBond
epsout :
ElectrostMod
ew :
MatPoint
exact_ewald_flag :
HaMolMechMod
excluded_atom_list :
HaMolMechMod
extern_field :
ETCoupl
- f -
fast_water_method :
HaMolMechMod
FBClear :
Canvas3D
FBuffer :
Canvas3D
FBufY :
HaMolView
fc :
MMValAngle
FFSymbol :
MatPoint
fill_charge_mode :
ElectrostMod
flag :
HaHBond
,
HaBond
,
HaAtom
,
HaResidue
flag_sph :
HaSurface
force_field :
NuclAcidMod
fst_twist :
NuclAcidMod
fun_val :
HaMinimizer
- g -
gamma_3body :
HaMolMechMod
grad_ene_max :
HaMolMechMod
guess_only :
HaQCMod
- h -
ham_trunc_type :
ETCoupl
harlem_home_dir :
HarlemApp
hbond_ene :
HaMolMechMod
HBondParams :
HaMolMechMod
HBonds :
HaMolecule
HBonds_found :
HaMolecule
heff_mat :
ETCoupl
hel_crd :
NuclAcidMod
homon_symm_flags :
NuclAcidMod
homon_symm_offs :
NuclAcidMod
host_atom_list :
AltChemState
HostMolecules :
HaMolSet
html_browser :
HarlemApp
hybrid :
HaAtom
- i -
iatout :
ElectrostMod
ibios :
ElectrostMod
icomp :
HaOper1e
id :
AltChemState
ida_eig_1 :
ETCoupl
ida_eig_2 :
ETCoupl
idelty :
HaMolView
ident :
HaChain
idivf :
MMDihedral
ierr :
StrStrMap
,
StrDoubleMap
,
PtrPtrMap
,
PtrDoubleMap
ifrcwrt :
ElectrostMod
imag :
HaRPAResolv
image_radius :
HaAtom
imem :
ElectrostMod
impdih_param_map :
HaMolMechMod
ImprDihedrals :
HaMolMechMod
improper :
MMDihedral
inactive_flag :
AltChemState
ind_charge_map :
ElectrostMod
info_str :
HaMolSet
init_charges_flag :
HaMolMechMod
init_ff_maps :
HaMolMechMod
init_flag :
NuclAcidMod
,
BiblDB
init_min_step :
HaMolMechMod
init_read_coord :
HaMolMechMod
init_res_names_flag :
HaResidue
init_temp :
HaMolMechMod
InitX :
HaMolView
InitY :
HaMolView
inp_file_prefix :
HaGaussian
insert :
HaResidue
int_engine :
HaQCMod
inten :
Vert
interact_mol :
HaInterMolMod
interm_acc_ID :
ComputerAccount
ipdbwrt :
ElectrostMod
iper :
ElectrostMod
irad :
HaHBond
,
HaBond
,
HaAtom
ish :
ElectrostMod
isite :
ElectrostMod
isolevel :
HaSurface
isph :
ElectrostMod
itsph :
HaSurface
itsph_r :
HaSurface
iuhf :
HaQCMod
- k -
keys_init :
CmdParser
Keywords :
CmdParser
kin_ene :
HaMolMechMod
- l -
l_ang :
GauShell
LabB :
HaMolView
label :
HaAtom
last_solute_atom :
HaMolMechMod
LastRZ :
HaMolView
LastTY :
HaMolView
length_md_run :
HaMolMechMod
lft :
Expr
limit_wrt_atoms :
HaMolMechMod
load_mo_flag :
HaQCMod
lock_bb :
NuclAcidMod
lock_hel :
NuclAcidMod
log_calc_result :
ETCoupl
log_file_name :
ElectrostMod
login_str :
ComputerAccount
LookUp :
Canvas3D
Lut :
Canvas3D
- m -
m_calc_bonds_flag :
HaMolSet
m_calc_s_hbonds_flag :
HaMolSet
m_field_data :
HaField3D
m_ImageRadius :
Canvas3D
m_ImageSize :
Canvas3D
m_Nz :
HaField3D
m_save_connect :
HaMolSet
m_save_selected :
HaMolSet
m_save_transform :
HaMolSet
m_screen_transform :
HaMolView
m_unique_atom_names_flag :
HaMolSet
m_YRange :
Canvas3D
m_ZOffset :
Canvas3D
manual_main_page :
HarlemApp
mass :
MatPoint
max_comp_cycles :
HaMolMechMod
max_coord :
ElectrostMod
max_gauss_mem :
HaQCMod
max_it_avg :
HaQCMod
max_it_noavg :
HaQCMod
max_iter :
NuclAcidMod
max_min_step :
HaMolMechMod
MaxSize :
Fortran_matrix< T >
MBonds :
HaMolMechMod
mbox :
HaAtom
MC_temp :
HaInterMolMod
MC_traj_file_name :
HaInterMolMod
md_time_step :
HaMolMechMod
min_cnvrg_criterium :
HaMolMechMod
min_color_map :
HaMolView
min_coord :
ElectrostMod
min_type :
HaMolMechMod
mod_atom_name :
AltChemState
module_to_init_flag :
HaMolMechMod
,
HaInterMolMod
moving_atoms :
IntCrdNode
,
HaMolMechMod
mset_pview :
HaMolSet
mtype :
HaCompMod
- n -
nae_act :
HaQCMod
name :
HaMolSet
NamedAtomLists :
HaMolSet
NameModifier :
HaResidue
nb_dist_limit :
ETCoupl
nbe_act :
HaQCMod
nbonds :
HaAtom
nbreak_1 :
NuclAcidMod
nbreak_2 :
NuclAcidMod
nbstp_wrt_coord :
HaMolMechMod
nbstp_wrt_ener :
HaMolMechMod
nbstp_wrt_rstrt :
HaMolMechMod
nbstp_wrt_vel :
HaMolMechMod
ncrd_ind_res :
NuclAcidMod
ncrd_res :
NuclAcidMod
ndiv_sph :
HaSurface
ndo_method :
HaQCMod
neutral_end_hydr_flag :
HaMolMechMod
nlit :
ElectrostMod
nmr_max_num_submol :
HaMolMechMod
nmr_penalty_min_method :
HaMolMechMod
nmr_restrain :
HaMolMechMod
nnit :
ElectrostMod
nodes :
ETCoupl
nodes_init_flag :
ETCoupl
noesy_vol_freq :
HaMolMechMod
nonb_cutoff_dist :
HaMolMechMod
nonb_list_flag :
HaMolMechMod
nonb_list_update_freq :
HaMolMechMod
nonbond_contact_list :
HaMolMechMod
norms :
HaSurface
nsym_unit :
NuclAcidMod
num_3body_inter :
HaMolMechMod
num_dfreedom_sub :
HaMolMechMod
num_ions :
HaMolMechMod
num_mc_steps :
HaInterMolMod
num_md_run :
HaMolMechMod
num_step_steep_descent :
HaMolMechMod
NumGauss :
GauShell
nz :
ElectrostMod
- o -
o :
NuclAcidMod
obj_type :
Object3D
offset :
HaHBond
,
ElectrostMod
omit_interactions :
HaMolMechMod
only_rasmol_command :
HarlemApp
opmode :
HaRPAResolv
Orig :
HaMolView
out_prefix :
NuclAcidMod
output_rejected_points :
HaInterMolMod
overlap_axx_sph :
HaSurface
- p -
p_dna_mol :
NuclAcidMod
param_file_name :
ElectrostMod
param_file_title :
ElectrostMod
param_to_init_flag :
HaMolMechMod
pbox_gamma :
HaMolSet
pbox_z :
HaMolSet
pCanv :
HaMolView
pdb_prefix :
NuclAcidMod
peaks_coupling :
HaMolMechMod
peaks_init_pot :
HaMolMechMod
peaks_rate :
HaMolMechMod
perfil :
ElectrostMod
period_bcond :
HaMolMechMod
pexp_3body :
HaMolMechMod
ph :
HaMolSet
phase :
MMDihedral
phatm :
HaAtomBasis
phiwrt :
ElectrostMod
phos_chrg :
NuclAcidMod
phost_ch :
HaResidue
phost_mol :
HaChain
phost_mset :
HaCompMod
phost_qcmod :
HaGaussian
phost_res :
HaAtom
pixel_size :
Canvas3D
pk :
AltChemState
,
MMDihedral
play_back_flag :
HaMolMechMod
,
HaInterMolMod
pme_box_alpha :
HaMolMechMod
pme_box_gamma :
HaMolMechMod
pme_box_x :
HaMolMechMod
pme_box_z :
HaMolMechMod
pme_dsum_tol :
HaMolMechMod
pme_grid_nx :
HaMolMechMod
pme_grid_nz :
HaMolMechMod
pme_neutralize_system :
HaMolMechMod
pme_spline_order :
HaMolMechMod
pme_verbose :
HaMolMechMod
pmesh_ewald_flag :
HaMolMechMod
pmsetdoc :
HaMolSet
pn :
MMDihedral
Points :
HaMolMechMod
PointX :
HaMolView
PointY :
HaMolView
polar_ene :
HaMolMechMod
polar_method :
HaMolMechMod
pot_ene :
HaMolMechMod
pot_isolevel :
ElectrostMod
ppot :
HaAtomBasis
press :
HaMolMechMod
pressure_reg_method :
HaMolMechMod
pressure_relax_time :
HaMolMechMod
pressure_scale_method :
HaMolMechMod
print_freq :
HaMolMechMod
ProbeRadius :
HaMolView
prog_args :
HarlemApp
protect_mat :
ETCoupl
pseudo_pot_flag :
HaGaussian
PseudoName :
HaAtomBasis
pure_fun_flag :
GauBasisSet
pw_hb_decay :
ETCoupl
pw_hb_min_dist :
ETCoupl
pw_ln_cov_decay :
ETCoupl
pw_nb_decay :
ETCoupl
pw_nb_decay_intermol :
ETCoupl
pw_nb_min_dist :
ETCoupl
- q -
QAtom :
Expr
QChain :
Expr
QGroup :
Expr
- r -
radius :
HaHBond
,
HaBond
,
HaAtom
radius_file_name :
ElectrostMod
radprb :
ElectrostMod
random_seed :
HaMolMechMod
rdx_shft_mode :
ElectrostMod
rdx_shift :
ElectrostMod
ref_pressure :
HaMolMechMod
ref_temp :
HaMolMechMod
refno :
HaAtom
,
HaResidue
refs_table :
BiblDB
refs_table_rid :
BiblDB
remove_init_motion_flag :
HaMolMechMod
remove_motion_freq :
HaMolMechMod
remove_solute_nb_cut_flag :
HaMolMechMod
res_impr_dih_map :
HaMolMechMod
Residues :
HaChain
ResNames :
HaResidue
ResSynonym :
HaResidue
restart_flag :
HaMolMechMod
restrained_atoms :
HaMolMechMod
restraint_format :
HaMolMechMod
rev_color_map :
HaMolView
rgt :
Expr
rionst :
ElectrostMod
rmin_axx_sph :
HaSurface
rms_ene :
HaMolMechMod
Rot :
HaMolView
run_amber_thread :
HaMolMechMod
run_internal_flag :
HaMolMechMod
run_type :
HaMolMechMod
- s -
sander_exe_fname :
HaMolMechMod
save_image_seq_gif :
HaInterMolMod
save_image_seq_pict :
HaInterMolMod
scale :
HaMinimizer
Scale :
HaMolView
scale_14_electr :
HaMolMechMod
scale_14_vdw :
HaMolMechMod
scale_init_vel :
HaMolMechMod
ScaleCount :
HaMolView
ScaleRef :
HaMolView
script_dir :
HarlemApp
sec_struct_found :
HaMolecule
seq :
NuclAcidMod
SeqFormat :
HaMolecule
serno :
HaResidue
set_dab_huck_inter :
ETCoupl
set_guess_from_mos :
HaQCMod
set_min_max :
HaMolSet
Shade :
HaMolView
shake_constr :
HaMolMechMod
shake_tol :
HaMolMechMod
Shells :
HaAtomBasis
skip_pt_between :
HaMolMechMod
,
HaInterMolMod
skip_pt_init :
HaMolMechMod
,
HaInterMolMod
soft_repulsion :
HaMolMechMod
soft_repulsion_const :
HaMolMechMod
solute_solvent_image_flag :
HaMolMechMod
solv_access_surf :
HaAtom
solv_buffer_dist :
HaMolSet
solv_name :
HaMolSet
sph :
HaSurface
spherical_fun_flag :
GauShell
srad :
HaSurface
src :
HaHBond
srcatom :
HaBond
srcCA :
HaHBond
ssbond_flag :
HBondIteratorMolSet
SSBonds :
HaMolecule
ssl :
ETCoupl
start_time :
HaMolMechMod
start_vel_method :
HaMolMechMod
std_crd_sys :
HaResidue
std_pk :
AltChemState
stop_calc_flag :
HaMolMechMod
,
HaInterMolMod
,
HaQCMod
struc :
HaResidue
structsource :
HaMolecule
sup_helix_pit :
NuclAcidMod
sup_helix_rad :
NuclAcidMod
symb_ppar_map :
HaMolMechMod
- t -
tcnt_std :
HaSurface
temp :
HaMolMechMod
temp_deviation :
HaMolMechMod
temp_relax_time_solute :
HaMolMechMod
temp_relax_time_solvent :
HaMolMechMod
temp_scale_method :
HaMolMechMod
tempf :
HaAtom
tess :
HaSurface
time :
HaMolMechMod
time_limit :
HaMolMechMod
TokenIdent :
CmdParser
TokenPtr :
CmdParser
TokenStart :
CmdParser
TokenValue :
CmdParser
TokenValueFloat :
CmdParser
toplbl :
ElectrostMod
tot_ene :
ElectrostMod
tr_indx :
HaSurface
tr_ratio :
HaInterMolMod
trace_atoms_flag :
HaInterMolMod
traced_atoms :
HaInterMolMod
traj_script :
HaMolMechMod
traj_wrt_format :
HaMolMechMod
trj_coord_fp :
HaMolMechMod
trj_ene_fp :
HaMolMechMod
trj_vel_fp :
HaMolMechMod
tsurf :
HaSurface
tun_ene :
ETCoupl
type :
Expr
- u -
ul :
NuclAcidMod
update_var_flag :
NuclAcidMod
- v -
v :
Poly
v_ :
Fortran_matrix< T >
ValAngles :
HaMolMechMod
valid :
HaSurface
vang_ene :
HaMolMechMod
vang_param_map :
HaMolMechMod
vdw_ene :
HaMolMechMod
vdw_ene_14 :
HaMolMechMod
vdw_ene_nb :
HaMolMechMod
vdw_inter_ene :
HaInterMolMod
vdw_pot_field :
HaInterMolMod
vdw_rad :
MatPoint
vel_limit :
HaMolMechMod
verts :
HaSurface
View :
Canvas3D
ViewObjects :
HaMolSet
vrt_std :
HaSurface
vvar :
HaMinimizer
- w -
wat_h1_name :
HaMolMechMod
wat_h2_name :
HaMolMechMod
wat_ox_name :
HaMolMechMod
wat_res_name :
HaMolMechMod
water_cap_flag :
HaMolMechMod
water_pairlist_method :
HaMolMechMod
width :
HaResidue
word_editor :
HarlemApp
wrap_coord :
HaMolMechMod
write_coord_format :
HaMolMechMod
- x -
xmax :
HaField3D
xstep :
HaField3D
- y -
ymax :
HaField3D
ystep :
HaField3D
- z -
z :
HaAtom
,
Vert
Z_mat :
HaRPAvec
zmax :
HaField3D
ZoneBoth :
HaMolView
Zoom :
HaMolView
zstep :
HaField3D
Generated on Tue Feb 17 02:03:12 2004 for harlem by
1.3.6