- a -

• add_molset_copies() : HaMolSet
• AddAllMissingAtoms() : HaMolecule
• AddAtomFromTempl() : HaMolecule
• AddAtomList() : HaMolSet
• AddBackB() : HaChain
• AddBasisToAtom() : GauBasisSet
• AddBlankChemGroup() : HaMolSet
• AddBond() : HaMolecule
• AddBoundaryAtoms() : ElectrostMod
• AddChain() : HaMolecule
• AddElectrSurf() : HaMolSet
• AddHarmConstraint() : HaMolMechMod
• AddHBond() : HaMolecule
• AddHydrogens() : HaMolSet
• AddHydrogensHybrid() : HaMolSet
• AddMissingAtoms() : HaMolSet, HaMolecule
• AddMolSet() : HarlemApp
• AddNewAtom() : HaResidue
• AddObject3D() : HaMolSet
• AddPolarHydrogens() : HaMolSet
• AddResidue() : HaChain
• AddShell() : HaAtomBasis
• AddSSBond() : HaMolecule
• AddWaterHydrogens() : HaMolecule
• AlignOverlapMol() : HaMolSet
• AnnounceGeomChange() : HaMolSet
• Apply() : HaRPAResolv, HaRPAHam
• Apply_Init() : HaRPAResolv
• AreHBonded() : HaMolSet, HaMolecule
• AreHBondsFound() : HaMolecule
• AreSSBondsFound() : HaMolecule
• AtTypeFromLbl() : HaAtom

- b -

• BBOffset() : NuclAcidMod
• BondIfClose() : HaMolecule
• BroadcastCurrAtom() : HaMolView
• BuildExcludedAtomList() : HaMolMechMod
• BuildFockMatFromMOs() : HaQCMod
• BuildFrom() : AtomList
• BuildGrpGrpNonBondList() : HaMolMechMod
• BuildHashTable() : HaMolView
• BuildMOgrid() : HaQCMod
• BuildNonBondContactList() : HaMolMechMod
• BuildNonBondListInterMol() : HaInterMolMod
• BuildNuclAcid() : NuclAcidMod

- c -

• calc_edge_dist() : ETCoupl
• calc_intermol_path_coupl() : ETCoupl
• calc_isosurf() : HaSurface
• CalcAltStatePK() : ElectrostMod
• CalcAngle() : Vec3D
• CalcAvgPotOn() : ElectrostMod
• CalcAxis() : NuclAcidMod
• CalcAxisPar1() : NuclAcidMod
• CalcBBCrd() : NuclAcidMod
• CalcBend() : NuclAcidMod
• CalcChargesInFieldEne() : HaInterMolMod
• CalcContElectrEne() : HaInterMolMod
• CalcDihedral() : Vec3D
• CalcDipole() : HaMolSet
• CalcDistance() : Vec3D
• CalcEffInterEne() : HaInterMolMod
• CalcElStaticInter() : HaInterMolMod
• CalcEne() : NuclAcidMod
• CalcEPfromMO() : HaQCMod
• CalcETReorgEne() : ElectrostMod
• CalcGFLocOrb() : ETCoupl
• CalcGFLocOrbHeff() : ETCoupl
• CalcGlobHlxCrd() : NuclAcidMod
• CalcHDAfromGF() : ETCoupl
• CalcHDAPert() : ETCoupl
• CalcHlxParams() : Vec3D
• CalcHydrogenBonds() : HaMolecule
• CalcIndCharge() : ElectrostMod
• CalcLocCrdSys() : NuclAcidMod
• CalcLocHlxCrd() : NuclAcidMod
• CalcMolSurf() : HaSurface
• CalcMolSurface() : HaMolSet
• CalcMolSurfDens() : HaMolSet
• CalcNonBondPt() : HaMolMechMod
• CalcOvlpMat() : GauBasisSet
• CalcPdistToShlxCnt() : NuclAcidMod
• CalcPKsForSelection() : HaMolSet
• CalcRedoxPotShft() : ElectrostMod
• CalcRotCenter() : HaMolView
• CalcSCFPK() : HaMolSet
• CalcStdCrdSys() : HaResidue
• CalcTorsion() : Vec3D
• CalculateEnergy() : HaMolMechMod
• CalculateMMEnergy() : HaInterMolMod
• CalculatePotential() : HaMolSet
• CalcValGrad() : HaMinimizer
• CenterSelected() : HaMolView
• ChainIdxOfRes() : NuclAcidMod
• CheckProcIsActive() : HarlemApp
• CheckStruct() : HaResidue
• ClampShiftVal() : HaMolView
• clear() : ElectrostMod, HaAtomBasis, ETCoupl, HaField3D
• clear_coef() : HaAtomBasis
• ClearBoundaryAtoms() : ElectrostMod
• ClearConstraints() : HaMolMechMod
• ClearParams() : MMDihedral
• ClearPickedAtoms() : HaMolSet
• ClipPolygon() : Canvas3D
• ColorMolSurfElPot() : ElectrostMod
• Colour2Shade() : HaMolView
• ComputeRevColourMap() : HaMolView
• convert_to_lower() : HaString
• convert_to_upper() : HaString
• copy_from() : HaAtomBasis
• Create2DMolArray() : HaMolSet
• CreateBond() : HaAtom
• CreateChargeMap() : HaMolSet
• CreateCompMod() : HaCompMod
• CreateEigVecContour() : ETCoupl
• CreateIPackBas() : GauBasisSet
• CreateMolecule() : HaMolSet
• CreateMolFromJumna() : NuclAcidMod
• CreateMolResidue() : HaMolecule
• CreateSurf() : HaMolSet
• CreateTransAlk() : HaMolSet

- d -

• DeAllocateExpr() : Expr
• DefineColourMap() : HaMolView
• DefineShade() : HaMolView
• DeleteAll() : HaMolSet
• DeleteAtom() : HaMolSet, AtomList
• DeleteAtomList() : HaMolSet
• DeleteAtomListPtr() : HaMolSet
• DeleteAtoms() : HaMolSet
• DeleteAtomWithRef() : HaMolSet
• DeleteBond() : HaAtom
• DeleteChemGroup() : HaMolSet
• DeleteChemGroupPtr() : HaMolSet
• DeleteExtraAtoms() : HaMolSet
• DeleteMol() : HaMolSet
• DeleteMolSet() : HarlemApp
• DeleteObject3D() : HaMolSet
• DeletePoints() : HaMolMechMod
• DelSelAtoms() : AtomList
• DetermineStructure() : HaMolecule
• DiagHeff() : ETCoupl
• diff() : Vec3D
• DisplayBackbone() : HaMolView
• DisplayBoxes() : HaMolView
• DisplayHBonds() : HaMolView
• DisplayOnScreenInfo() : HaMolView
• DisplayPickedAtoms() : HaMolView
• DisplayRibbon() : HaMolView
• DisplaySelectCount() : HaMolSet
• DisplaySpaceFill() : HaMolView
• DisplayTextString() : Canvas3D
• DisplayWireframe() : HaMolView
• DotProduct() : Vec3D
• DrawCylinder() : HaBond
• DrawDashed() : HaBond
• DrawFrame() : HaMolView
• DrawWire() : HaBond
• DuttonModelCalc() : ETCoupl

- e -

• ElemDuttonRadius() : HaAtom
• ElemVDWRadius() : HaAtom
• EndWait() : HarlemApp
• EvaluateExpr() : Expr
• EvaluateExprFor() : Expr
• EvaluateProperty() : Expr
• ExecRasMolScript() : HarlemApp
• ExecuteCommand() : HarlemApp
• ExecuteRemoteCmd() : HarlemApp
• ExecuteScriptFromFile() : HarlemApp
• ExecuteScriptInString() : HarlemApp

- f -

• FBasFunPos() : HaQCMod
• FetchFile() : HaMolSet
• FetchToken() : CmdParser
• Fill_section_basis() : HaGaussian
• Fill_section_coord() : HaGaussian
• Fill_section_ext_charges() : HaGaussian
• Fill_section_job() : HaGaussian
• Fill_section_proc_commands() : HaGaussian
• FillChargeMap() : ElectrostMod
• FillRef() : HaMolecule, HaAtom, MatPoint, HaResidue, ChemGroup
• FillStdAtomTypes() : HaAtom
• FillZeros() : HaField3D
• FindClosestContact() : HaMolSet
• FindDisulphideBridges() : HaMolecule
• FindDNAMol() : NuclAcidMod
• FindMinSplit() : ETCoupl
• FindMovingAtoms() : IntCrdNode
• FindPointParamFromSymbol() : HaMolMechMod
• FixChainsIdent() : HaMolecule
• FormDenMat() : HaQCMod
• FunPointVal() : GauShell

- g -

• GenComplStrand() : NuclAcidMod
• GetActiveMolView() : HaMolSet
• GetAltChemState() : HaResidue
• GetAltChemStateByAtName() : HaResidue
• GetAtomByName() : HaResidue
• GetAtomByRef() : HarlemApp, HaMolSet, HaMolecule
• GetAtomBySeqNum() : HaMolecule
• GetAtomCrd() : NuclAcidMod
• GetAtomIterator() : HaMolecule, AtomList, AtomCollection
• GetAtomListByID() : HaMolSet
• GetAtomOfAO() : HaQCMod
• GetAtomsByRef() : HaMolSet
• GetAverageCoord() : HaMolecule
• GetBasName() : HaQCMod, HaAtomBasis
• GetBondedAtoms() : HaAtom
• GetChain() : HaMolecule
• GetCharge() : MatPoint, HaQCMod
• GetChargeMapByName() : HaMolSet
• GetChemGroupByAtom() : HaMolSet
• GetChemGroupByID() : HaMolSet
• GetChemGroupByIdx() : HaMolSet
• GetClosestGridPoint() : HaField3D
• GetCntCoord() : HaQCMod
• GetCoef() : GauShell
• GetColorIdx() : HaMolView
• GetCompModule() : HaMolSet
• GetDAfield() : ETCoupl
• GetDaltonMod() : HaMolSet
• GetDAsplit() : ETCoupl
• GetDihedral() : HaMolMechMod
• GetDihVal() : IntCrdNode
• GetDirFromFileName() : HaString
• GetElectrostMod() : HaMolSet
• GetElemNo() : HaAtom
• GetElemNoFromName() : HaAtom
• GetETCouplMod() : HaMolSet
• GetExp() : GauShell
• GetExtFromFileName() : HaString
• GetFFSymbol() : MatPoint
• GetFieldPtr() : HaField3D
• GetFirst() : AtomListIteratorMolSet, ChemGroupIterator
• GetFirstAtom() : AtomIteratorMolSet, AtomIteratorMolecule, AtomListIterator, AtomIterator
• GetFirstBackB() : HaChain
• GetFirstBond() : HBondIteratorMolSet, BondIteratorMolSet, BondIteratorMolecule
• GetFirstChain() : HaMolecule
• GetFirstMolecule() : HaMolSet
• GetFirstPt() : PointIterator, AtomIteratorMolecule, AtomListIterator
• GetFirstRes() : ResidueIteratorMolSet, ResidueIteratorMolecule, HaChain
• GetFullName() : HaResidue
• GetGaussMod() : HaMolSet
• GetHostChain() : HaResidue
• GetHostMol() : HaChain, HaResidue
• GetHostRes() : HaAtom
• GetID() : AtomList
• GetImprDihedral() : HaMolMechMod
• GetInterMolMod() : HaMolSet
• GetInterpolValAtPoint() : HaField3D
• GetL() : GauShell
• GetLinIdx() : HaField3D
• GetLocOrbAO_by_idx() : HaQCMod
• GetLocOrbByRef() : HaQCMod
• GetLocOrbIdx() : HaQCMod
• GetLocOrbIdxOfGrp() : HaQCMod
• GetMass() : MatPoint
• GetMinMaxCrd() : HaMolSet, HaMolecule
• GetMinMaxCrdSelected() : HaMolSet
• GetMMBond() : HaMolMechMod
• GetMolByName() : HaMolSet
• GetMoleculeNum() : HaMolSet
• GetMolMechMod() : HaMolSet
• GetMolSet() : HaCompMod, HaMolView
• GetMolSetByName() : HarlemApp
• GetMolTemplForRes() : HaResDB
• GetMovingAtoms() : HaMolMechMod
• GetMult() : HaQCMod
• GetNActiveOrb() : HaQCMod
• GetNalphel() : HaQCMod
• GetName() : HaMolSet, HaAtom, HaResidue
• GetNameModifier() : HaResidue
• GetNAtoms() : HaMolSet, HaMolecule, AtomList
• GetNbetel() : HaQCMod
• GetNBfunc() : HaQCMod, GauBasisSet, HaAtomBasis, GauShell
• GetNBfuncCart() : GauBasisSet, HaAtomBasis, GauShell
• GetNBonds() : HaMolSet, HaMolecule
• GetNChains() : HaMolSet, HaMolecule
• GetNChemGroups() : HaMolSet
• GetNelectr() : HaQCMod
• GetNext() : AtomListIteratorMolSet, ChemGroupIterator
• GetNextAtom() : AtomIteratorMolSet, AtomIteratorMolecule, AtomListIterator, AtomIterator
• GetNextBackB() : HaChain
• GetNextBond() : HBondIteratorMolSet, BondIteratorMolSet, BondIteratorMolecule
• GetNextChain() : HaMolecule
• GetNextPt() : PointIterator, AtomIteratorMolecule, AtomListIterator
• GetNextRes() : ResidueIteratorMolSet, ResidueIteratorMolecule, HaChain
• GetNextResInChain() : HaResidue
• GetNHBonds() : HaMolecule
• GetNMol() : HaMolSet
• GetNRes() : HaMolSet, HaMolecule, HaChain, NuclAcidMod
• GetNSSBonds() : HaMolecule
• GetNuclAcidMod() : HaMolSet
• GetNumAltStates() : HaResidue
• GetNumCnt() : HaQCMod
• GetNumElectr() : HaAtomBasis
• GetNumGauss() : GauShell
• GetNumMO() : HaQCMod
• GetNumOccMO() : HaQCMod
• GetNumTr() : HaSurface
• GetNumVacMO() : HaQCMod
• GetNumVerts() : HaSurface
• GetNVar() : HaMinimizer
• GetNx() : HaField3D
• GetNy() : HaField3D
• GetNz() : HaField3D
• GetOvlpMat() : HaQCMod
• GetPH() : HaMolSet
• GetPointIterator() : PointCollection, HaMolecule, AtomList
• GetPosEulerTrans() : HaMolecule
• GetPrefixFromFullName() : HaString
• GetPrevResInChain() : HaResidue
• GetProtect() : ChemGroup
• GetPtNum() : PointCollection, HaMolecule, AtomList
• GetQCMod() : HaMolSet, ETCoupl
• GetReachableAtoms() : HaAtom
• GetRef() : HaMolecule, MatPoint, HaResidue
• GetResByRef() : HaMolSet, HaMolecule
• GetResBySerNo() : HaChain
• GetResImprAngles() : HaMolMechMod
• GetResNameFromFullName() : HaResidue
• GetResNameInTable() : HaResidue
• GetRestrAtoms() : HaMolMechMod
• GetScatterMod() : HaMolSet
• GetSeqNumOfAtom() : HaMolSet, HaMolecule
• GetSerNo() : HaAtom, HaResidue
• GetShellFunSymbol() : GauShell
• GetShellSymbol() : GauShell
• GetStdPosition() : HaMolecule
• GetStdRotMat() : HaMolecule
• GetStdSymbol() : HaAtom
• GetStdSymbolElem() : HaAtom
• GetSTMMod() : HaMolSet
• GetSubMatFromDB() : ETCoupl
• GetTemplate() : HaResidue
• GetTemplateForAtom() : HaResDB
• GetTemplateForResidue() : HaResDB
• GetTemplResAtomMaps() : HaResDB
• GetTransfCoord() : HaMolView
• GetTunEne() : ETCoupl
• GetType() : HaCompMod
• GetUniqResSerNo() : HaChain
• GetUniqueAtomName() : HaResidue
• GetUniqueMolName() : HaMolSet
• GetValAngle() : HaMolMechMod
• GetValPtr() : HaField3D
• GetValue() : HaField3D
• GetVarNum() : NuclAcidMod
• GetX() : Vec3D
• GetXmax() : HaField3D
• GetXmin() : HaField3D
• GetXstep() : HaField3D
• GetXYZ() : HaField3D
• GetY() : Vec3D
• GetYmax() : HaField3D
• GetYmin() : HaField3D
• GetYstep() : HaField3D
• GetZ() : Vec3D
• GetZmax() : HaField3D
• GetZmin() : HaField3D
• GetZstep() : HaField3D
• grid_to_xyz_float() : HaField3D

- h -

• HaCompMod() : HaCompMod
• HasBackBHBond() : HaResidue

- i -

• IdentifyAtom() : HaMolView
• IdxLastFreeHelCoord() : NuclAcidMod
• IdxLastHelCoord() : NuclAcidMod
• IdxResInChain() : NuclAcidMod
• Init() : BiblDB
• Init1eDens() : HaQCMod
• Init321G() : HaAtBasDB
• Init321PPG() : HaAtBasDB
• InitAtoms() : HaMolecule
• InitAtomsGRWF() : HaMolecule
• InitBasis() : HaQCMod
• InitBasOvlp() : HaQCMod
• InitForAtoms() : GauBasisSet
• InitForMolSet() : GauBasisSet
• InitHay1_dz() : HaAtBasDB
• InitHay1_dzPP() : HaAtBasDB
• Initialize() : HaMolMechMod, HaInterMolMod
• initialize() : Fortran_matrix< T >
• InitialTransform() : HaMolView
• InitiateNodes() : ETCoupl
• InitIPack() : HaQCMod
• InitKeywords() : CmdParser
• InitLocOrb() : HaQCMod
• InitMolecularFields() : HaInterMolMod
• InitMOs() : HaQCMod
• InitParamSet() : HaMolMechMod
• InitResSynonym() : HaResidue
• InitStdResNames() : HaResidue
• InsertAtom() : AtomList
• InterpolResParams() : HaResidue
• Is3endRes() : NuclAcidMod
• IsAmino() : HaResidue
• IsAtom() : HaAtom, MatPoint
• IsBonded() : HaResidue
• IsDisplayed() : HaAtom
• IsFstResInChain() : NuclAcidMod
• IsHBAcceptor() : HaAtom
• IsHBDonor() : HaAtom
• IsHelCoordLocked() : NuclAcidMod
• IsHydrogen() : HaAtom, MatPoint
• IsLocOrbFullBasis() : HaQCMod
• IsMember() : HaMolecule, AtomList, AtomCollection
• IsRibRes() : NuclAcidMod
• IsSameName() : HaAtom
• IsShadeDefined() : HaMolView
• IsSupHlxConstr() : NuclAcidMod
• IsThymineRes() : NuclAcidMod
• IsToDraw() : HaHBond, HaBond
• IsWithinRadius() : PointCollection

- k -

• KillProc() : HarlemApp

- l -

• length() : Vec3D
• length2() : Vec3D
• LoadAmberMDInfoFile() : HaMolMechMod
• LoadAmberPrepFile() : HaMolSet
• LoadAmberRestartFile() : HaMolMechMod
• LoadDataFromFChk() : HaQCMod
• LoadElPotFromFile() : ElectrostMod
• LoadGauCom() : HaRPAHam
• LoadGauCom_B() : HaQCMod
• LoadGauCom_B_2() : HaQCMod
• LoadGauCom_IO() : HaQCMod
• LoadHarlemFile() : HaMolSet
• LoadMDLFile() : HaMolSet
• LoadMol2File() : HaMolSet
• LoadPDBFile() : HaMolSet
• LoadRWFMolecule() : HaMolSet
• LoadToGaussianB2Common() : GauBasisSet
• LoadToGaussianBas() : GauBasisSet
• LoadToGaussianBCommon() : GauBasisSet
• LoadXYZFile() : HaMolSet
• LockBBCoord() : NuclAcidMod
• LockHelCoord() : NuclAcidMod
• LondonDaltonCalc() : HaOperRDelt
• LookUpAtGroupExpr() : Expr
• LookUpElement() : Expr
• LookUpKeyword() : CmdParser

- m -

• mat_inverse() : HaMat_double
• mat_sdiag() : HaMat_double
• mat_transpose() : HaMat_double
• MergeMolecules() : HaMolSet
• MinEne() : NuclAcidMod
• Minimize() : HaMinimizer

- n -

• NewAtomType() : HaAtom
• newsize() : Fortran_matrix< T >
• Normalize() : GauShell
• normalize() : Vec3D
• NumAllBBVarRes() : NuclAcidMod
• NumBBCoord() : NuclAcidMod
• NumFreeBBCoord() : NuclAcidMod
• NumIndBBVarRes() : NuclAcidMod

- o -

• OnDelAtoms() : HaMolMechMod, HaCompMod, ETCoupl
• OpCode() : Expr
• OpenSanderFilesToRead() : HaMolMechMod
• operator *() : Vec3D, HaRPAHam
• operator HaMat_double() : HaOper1e
• operator()() : Fortran_matrix< T >
• operator==() : GauShell
• operator[]() : Fortran_matrix< T >, Vec3D
• OverlapMol() : HaMolSet

- p -

• ParseColour() : CmdParser
• ParseExpression() : CmdParser
• ParsePrimitiveExpr() : Expr
• path_coupl_calc() : ETCoupl
• PauseMCDock() : HaInterMolMod
• place_to_orig() : HaMolSet
• PlotIndCharge() : ElectrostMod
• PrepGauss() : HaQCMod
• Print_cur_bcommon() : HaGaussian
• Print_info() : HaMolSet, HaMolecule, HaMolMechMod, HaSurface
• PrintEigVecCoef() : ETCoupl
• PrintHeffElem() : ETCoupl
• PrintOvlpElem() : ETCoupl
• PrintPK() : HaResidue
• PrintProtectMat() : ETCoupl
• ProjMatToActBas() : HaQCMod
• PutSubMatToDB() : ETCoupl

- r -

• RasMolCmd() : HarlemApp
• ReadAXEfile() : NuclAcidMod
• ReadTotEne() : ElectrostMod
• ReadTrajPoint() : HaMolMechMod
• RecalcFromHr() : HaOperRDelt
• RecalcFromHr2() : HaOperRDelt
• RecalcHeff() : ETCoupl
• RecalcLondon() : HaOperRDelt
• RefreshAllViews() : HaMolSet
• RegisterKeyword() : CmdParser
• RenderFrame() : HaMolView
• ResetETModule() : HaMolSet
• RestoreConfig() : NuclAcidMod
• RestoreFromFile() : HaField3D
• RestrictSelected() : HaMolView
• ResumeMCDock() : HaInterMolMod
• ReverseAtomSelection() : HaMolSet
• RollHistory() : CmdParser
• Rotate() : Vec3D
• RotateObj() : HaMolecule, Object3D
• RotatePt() : Vec3D
• RotateX() : Object3D
• RotateY() : Object3D
• RotateZ() : Object3D
• run() : ElectrostMod
• RunAmber() : HaMolMechMod
• RunAmberThread() : HaMolMechMod
• RunCNDO() : HaQCMod
• RunCNDO2() : HaQCMod
• RunCNDOThread() : HaQCMod
• RunDelphi() : ElectrostMod
• RunExternalProgram() : HarlemApp
• RunMCDock() : HaInterMolMod
• RunMCDocThread() : HaInterMolMod
• RunSanderInt() : HaMolMechMod

- s -

• Save_inp_file() : HaGaussian
• SaveAmberAllInpFiles() : HaMolMechMod
• SaveAmberCrdFile() : HaMolMechMod
• SaveAmberInpFile() : HaMolMechMod
• SaveAmberRunFile() : HaMolMechMod
• SaveAmberTopFile() : HaMolMechMod
• SaveAXEfile() : NuclAcidMod
• SaveChargeFile() : ElectrostMod
• SaveConfig() : NuclAcidMod
• SaveCoordFile() : ElectrostMod
• SaveGaussianInp() : GauShell
• SaveHarlemFile() : HaMolSet
• SaveParamFile() : ElectrostMod
• SavePDBFile() : HaMolSet
• SaveRadiusFile() : ElectrostMod
• SaveToFile() : HaField3D
• SaveXYZFile() : HaMolSet
• SaveXYZRadFile() : HaMolSet
• ScaleColourAttrib() : HaMolView
• ScaleColourMap() : HaMolView
• ScaleCoord() : Vec3D
• ScanEigEneField() : ETCoupl
• SearchRefs() : BiblDB
• Select() : HaAtom, MatPoint
• select_important() : ETCoupl
• SelectAllAtoms() : HaMolSet
• Selected() : HaAtom, MatPoint, HaResidue
• SelectOnly() : HaMolSet
• SelectZone() : HaMolSet
• SelectZoneExpr() : HaMolSet
• set() : Fortran_matrix< T >
• Set14interDihFlags() : HaMolMechMod
• Set_amode() : Fortran_matrix< T >
• set_dir_path_coupl() : ETCoupl
• set_from() : HaMat_double
• Set_inp_file_prefix() : HaGaussian
• set_max_gauss_mem() : HaQCMod
• Set_std_fnames() : HaGaussian
• Set_std_job_flags() : HaGaussian
• SetAltCharges() : HaResidue
• SetAltStatesActive() : HaMolSet
• SetAngle() : HaMolSet
• SetAtomListFromSelection() : HaMolSet
• SetAtomPos() : Vec3D
• SetAtomScreenCoord() : HaMolecule
• SetAtomScreenRadVal() : HaMolView
• SetAtomScreenRadVdW() : HaMolView
• SetBasName() : HaAtomBasis
• SetBBCoord() : NuclAcidMod
• SetBondDist() : HaMolSet
• SetBoundaryAtoms() : ElectrostMod
• SetCharge() : MatPoint, HaQCMod
• SetChargeMapByCurrentCharges() : HaMolSet
• SetChargesForCurrentPH() : HaMolSet
• SetChargesForPH() : HaMolSet, HaResidue
• SetChargesFromChargeMap() : HaMolSet
• SetChemGrpSelected() : HaMolSet
• SetCoef() : GauShell
• SetCoordsFromJumna() : NuclAcidMod
• SetCoordSubstH() : HaMolecule
• SetCurrComp() : HaOper1e
• SetCysBridgeNames() : HaMolecule
• SetDAdipoleMat() : ETCoupl
• SetDAfield() : ETCoupl
• SetDAOrbFromEig() : ETCoupl
• SetDielSlope() : NuclAcidMod
• SetDihVal() : IntCrdNode
• SetDimensions() : HaField3D
• SetDisplayed() : HaAtom
• SetEdges() : ETCoupl
• SetElectrModel() : HaInterMolMod
• SetElemNo() : HaAtom
• SetEnergy() : HaRPAHam
• SetFFSymbol() : MatPoint
• SetFFtype() : NuclAcidMod
• SetFFtypeIdx() : NuclAcidMod
• SetForAtom() : HaAtomBasis
• SetFromStr() : HaMat_double, Vec3D
• SetGridCornersCoord() : HaField3D
• SetHBAcceptor() : HaAtom
• SetHBDonor() : HaAtom
• SetHBondConstraints() : HaMolMechMod
• SetHBStatus() : HaAtom
• SetHelCoord() : NuclAcidMod
• SetHostChain() : HaResidue
• SetHybrid() : HaAtom
• SetID() : AtomList
• SetInitPoint() : HaMinimizer
• SetIntCoordFromStr() : HaMolecule
• SetIntCoordsToJumna() : NuclAcidMod
• SetLutEntry() : Canvas3D
• SetMass() : MatPoint
• SetMoveAll() : HaMolMechMod
• SetMoveOnly() : HaMolMechMod
• SetMult() : HaQCMod
• SetName() : HaMolSet, HaAtom, HaResidue
• SetNotDraw() : HaHBond, HaBond
• SetNumGauss() : GauShell
• SetNumVerts() : HaSurface
• SetNVar() : HaMinimizer
• SetObjName() : HaMolecule
• SetOpMode() : HaRPAHam
• SetParamFrom() : MatPoint, HaChain, HaResidue
• SetParseRadii() : HaMolSet
• SetPH() : HaMolSet
• SetPhosChrg() : NuclAcidMod
• SetPosEulerTrans() : HaMolecule
• SetPosition() : HaMolecule
• SetPseudoPotFromName() : HaAtomBasis
• SetRestrainedAtoms() : HaMolMechMod
• SetSeq() : NuclAcidMod
• SetShadeLutEntries() : HaMolView
• SetShlxTwist() : NuclAcidMod
• SetStdAtomicParams() : HaMolSet
• SetStdCharges() : HaResidue
• SetStdChemGroups() : HaMolSet
• SetStdParam() : AltChemState, ElectrostMod
• SetStdParams() : HaInterMolMod
• SetStdPK() : HaResidue
• SetStdPK_G1() : HaResidue
• SetStdPKforAtName() : HaResidue
• SetStdResPK() : HaMolSet
• SetStdResPK_G1() : HaMolSet
• SetStdValParams() : HaMolMechMod
• SetStdVdWParams() : HaMolMechMod
• SetTermResNames() : HaMolecule
• SetTorsion() : HaMolSet
• SetTunEne() : ETCoupl
• SetUniqueAtomNames() : HaResidue
• SetUniqueResNo() : HaChain
• SetValAngle() : HaMolMechMod
• SetValue() : HaField3D
• SetVdwRadii() : HaMolSet
• SetWaveFunType() : HaQCMod
• SetX() : Vec3D
• SetY() : Vec3D
• SetZ() : Vec3D
• Shade2Colour() : HaMolView
• ShowAccountsLoad() : HarlemApp
• SleepThread() : HarlemApp
• solv_lin_syst_1() : HaMat_double
• solvate() : HaMolSet
• solve() : HaRPAResolv
• SqRoot() : HaMat_double
• StartWait() : HarlemApp
• StdBondLen() : HaAtom
• StdElemMass() : HaAtom
• StopCalc() : HaMolMechMod, HaQCMod
• StopMCDock() : HaInterMolMod
• sum() : Vec3D
• Superimpose() : PointCollection
• SwitchThread() : HarlemApp

- t -

• test_graph_1() : HarlemApp
• test_min_1() : HarlemApp
• TestAtomProximity() : HaMolView
• Translate() : HaMolecule, Object3D
• trunc_space() : HaString

- u -

• UnSelect() : HaAtom, MatPoint
• UnSelectAllAtoms() : HaMolSet
• UpdateVarCoord() : NuclAcidMod
• UpdateXYZ() : NuclAcidMod
• UsePseudoPot() : HaQCMod

- v -

• VecProduct() : Vec3D

- w -

• WrapShiftVal() : HaMolView
• WriteVRMLAtoms() : HaMolView
• WriteVRMLColour() : HaMolView
• WriteVRMLTriple() : HaMolView

- z -

• ZeroLongInter() : ETCoupl

---